Porém a parte principal de seu trabalho até então era como músico de estúdio e como sideman de luxo para astros da música pop, incluindo Yoko Ono, James Taylor, Eric Clapton e Paul Simon. Ao todo apareceu em cerca de 500 gravações. Sua carreira solo começou tardiamente, quando tinha 38 anos, o que explica sua discografia relativamente pequena como líder. Nos anos 90 tocou com McCoy Tyner e com uma nova formação dos Brecker Brothers. Recebeu prêmios Grammy e foi para a gravadora Verve em 1999.

Michael Brecker é o saxofonista mais imitado dos anos 80 e 90, um ponto de referência na cena do sax tenor, tanto quanto Wayne Shorter. Seu som foi, mais de uma vez, descrito como “um Coltrane sem a tempestuosa busca interior” ou como “uma versão sem arestas do Coltrane da primeira fase”. O fato de Brecker ter tocado música pop fica de alguma forma visível em sua maneira de tocar. Embora possua um som possante e um fraseado vigoroso, talvez não mergulhe tão fundo ou com tanta sutileza na harmonia, como faziam outros mestres do passado.